改造手術で身体の各部を機械化され、加速装置を使った特殊能力などを持つサイボーグ００９。そして、それぞれ違う能力を与えられた仲間のサイボーグ戦士たちは、彼らを改造したブラック・ゴースト団との戦いの後、つかの間の平和を味わっていた。００９は本名の島村ジョーに戻り、日本でレーサーに復帰。その日本では、ギルモア博士が００１や００３と研究所で共に暮らし、００６は００７と中華料理店を営んでいる。しかし、世界にはまだまだ悪がはびこっている。マッド・サイエンティストや新たな秘密組織が引き起こす怪事件、ライバルのサイボーグの挑戦、宇宙人の侵略など、様々な怪事件にサイボーグたちは立ち向かってゆく。平和が訪れるその日まで、正義の戦士たちに休息はないのだ（TVアニメ動画『サイボーグ009 THE CYBORG SOLDIER』のwikipedia・公式サイト等参照）