科学技術が発達した、機械仕掛けの理想郷「帝国」。超常の力・星霊術を駆使し、“魔女の国”と恐れられる「ネビュリス皇庁」。二国は長きにわたる戦争を続けてきたーー。帝国の最高戦力イスカと皇庁の王女にして“氷禍の魔女”アリスリーゼは、激闘の中で互いの素顔に触れ、その生き方と理想に惹かれ合う好敵手となった。独立国家アルサミラで帝国と皇庁の謀略を打ち砕いた二人は、再会を誓ってそれぞれの道へと進むが、意外な形でその約束を果たす。アリスの妹シスベルと取り引きを交わし、護衛として皇庁に潜入するイスカ。シスベルの捜索隊として皇庁の都市リースバーテンを訪れるアリス。偶然の再会は二人の心をさらに燃え上がらせるが…… 同時に皇庁内では帝国の内通者「純血種・被検体E」が暗躍し、帝国の「特務・女王捕獲計画」が動き出そうとしていた。否応なく引き裂かれようとするイスカとアリスは、その運命に抗うことができるのか――。（TVアニメ動画『キミと僕の最後の戦場、あるいは世界が始まる聖戦 Season Ⅱ』のwikipedia・公式サイト等参照）